Když osmanská armáda v roce 1526 porazila Maďarsko a Čechy v bitvě u Moháči, padly země uherského krále Ludwiga II., Který v bitvě zemřel, na Ferdinanda I. Pro Čechy začala habsburská vláda téměř čtyř set let. Pozdnější římsko-německý císař Ferdinand I. obdržel českou korunu a začal rekatolizovat české země z Vídně. V 16. století to vyvolalo odpor evangelické většiny lidí a šlechty, kteří požadovali větší svobodu v tradici husitských, kalvinistických a luteránských vyznání. V dopise o vznešenosti musel Rudolf II. V roce 1609 umožnit státům svobodně praktikovat své náboženství. V roce 1618 se však česká šlechta vzbouřila proti katolické nadvládě Habsburků (druhý pražský překlad). Ježíšova společnost (jezuité), založená v roce 1539, jejímž cílem bylo upevnit a bránit katolickou víru, byla vyloučena z Čech a protestant Fridrich z Falcka byl jmenován králem Českým říšským sněmem. Třicetiletá válka se vyvinula z tohoto konfliktu. Již v roce 1620 povstání zrušil tzv. Pražský krevní soud a v následných bojích převládalo katolické protireformace. Česká šlechta byla germánská a jezuitský řád získal velkou moc.

Teprve ve druhé polovině 18. století došlo ke změně restriktivního výkonu katolické moci v Čechách. Rakouská arcivévodkyně, královna Maďarska a Čech, Marie Terezie, schválila reformy správy a vzdělávání a vyloučila jezuitský řád říše. Za Josefa II. Byl její syn, nevolnictví zrušeno, byla zavedena náboženská svoboda a oficiálním jazykem se stala němčina.

V prvních desetiletích 19. století se německo-české regiony vyvinuly v průmyslové jádro habsburské monarchie. Současně obnovená výsada Němců vedla k dalšímu posílení českého národního vědomí. V polovině 19. století se na jedné straně objevila moderní průmyslová lokalita s těžbou železné rudy a uhlí a vzkvétajícím textilním, porcelánovým a sklářským průmyslem a na druhé straně se vyvinulo česko-slovanské a protinemecké národní hnutí, které prosazovalo rovné politické a sociální zacházení: v roce revoluce V roce 1848 čelili Slované Němcům, kteří se snažili připojit k Německu. Český historik a politik František Palacký (jeho kniha „Dějiny Čech“ významně ovlivnil české národní vědomí) uspořádal slovanský kongres - paralelně s Národním shromážděním ve Paulskirche ve Frankfurtu. Následovala buržoazně-demokratická revoluce soustředěná v Praze. Rakousko pak uložilo stanné právo a bombardovalo město, které se muselo vzdát. Německo-česká opozice se zhoršila a nemohla být pozitivně ovlivněna vyrovnávací politikou hraběte Taafeho, která se podruhé na konci 19. století stala rakouským předsedou vlády. Nové hlasovací právo přineslo v roce 1880 Čechům většinu ve státním parlamentu. Vyžadovali jediné pravidlo a požadovali federální ústavu. Stále důraznější české národní hnutí úzce spolupracovalo se Slováky a stále více se dostalo do přední pozice proti Rakousku-Uhersku, jehož pokusy o dosažení národní rovnováhy selhaly. To vedlo k tomu, že ústřední vláda vyhlásila v roce 1913 pracovní neschopnost českého státního parlamentu, zrušila autonomii země a vládla zemi v mimořádném stavu během první světové války. Slovenští a čeští vojáci pak vytvořili „Československou legii“ a bojovali na straně Rusů a Srbů.

Československo
28. října 1918 se sloučily Čechy, Morava a Slovensko do Československa. Státním prezidentem byl Tomáš Garrigue Masaryk, který zemřel v roce 1937. Edvard Beneš se stal novým prezidentem a podepsal „mnichovskou dohodu“ v roce 1938 pod tlakem Francie, Anglie a Itálie, čímž postoupil německé pohraniční oblasti do Německé říše. V roce 1939 také Hitler okupoval české území a stal se z něj „Říšský protektorát Čechy a Morava“; Slovensko se oddělilo. Období německé okupace během druhé světové války bylo poznamenáno otevřeným terorem proti české inteligenci a buržoazii, zejména od roku 1941. Desítky tisíc Čechů (odhaduje se mezi 100 000 a 300 000 lidmi) bylo zabito, převážná většina Židů žijících v Praze byla převezena do koncentračních táborů a tam byla zabita.

5. dubna 1945 vyhlásil sociální demokrat Z. Fierlinger program Kaschau, který zajišťoval zřízení sociálního státu, znárodnění a rychlé znovuusídlení Němců a Maďarů - celkem asi 30% populace. Do října 1946 bylo 3,5 milionu Němců vyhnáno ze země. Komunistická strana České republiky za vlády Klementa Gottwalda převzala moc v roce 1948 a díky nucenému sjednocení sociálních demokratů a komunistů a ústavní změně byla země transformována podle sovětského modelu. Asi dva miliony Čechů uprchly do zahraničí a členové opozice, kteří zůstali v zemi, byli v koncentračních táborech odsouzeni k nucené práci.

V roce 1949 byl COMECON založen jako „Rada pro vzájemnou ekonomickou pomoc“ a dokonce i po Stalinově smrti v roce 1953 byla na lidová povstání v Československu odpovězena zatčení a hromadné popravy. V roce 1955 byl jako reakce na NATO založen Varšavský pakt a v roce 1960 byla Lidová republika přejmenována na Československou socialistickou republiku.

Po dvaceti letech komunistické vlády byla republika v roce 1968 v katastrofálním ekonomickém stavu. Slovenský Alexander Dubček se na „Pražském jaru“ pokusil provést politické a hospodářské reformy (např. Zrušení cenzury). Pokusy o demokratizaci však byly během několika měsíců odloženy vojsky Varšavské smlouvy a Dubček byl nahrazen. Gustáv Husák uzavřel západní hranice a obnovil pro-sovětský kurs.